El sistema de filtro de aire es el sistema principal que asegura la función de la cabina de seguridad biológica de clase I. Tiene 3 partes: el ventilador, el filtro y el agujero de aireación. El aire exterior y el aerosol provocado en el experimento entran juntos en la cabina de seguridad biológica de clase I, todo el aire se filtra cuando pasa del sistema de filtrado y finalmente se agota el aire limpio. El sistema utiliza un filtro HEPA para asegurar la salida del aire en la clase 100.